Фамилия Фоктова встречается редко, и её происхождение напрямую связано с мужской формой Фоктов. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Фокт, которое, скорее всего, является просторечной, «обкатанной» в быту формой крестильного имени Фока (от греческого «фоке» — тюлень). В русских говорах имя Фока часто «укорачивали» до Фокт или Фоктей, а затем добавляли типичный патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Фокта». Таким образом, Фоктов — это буквально «Фоктов сын», а Фоктова — женская форма той же фамилии.

Суффикс -ов в данном случае не вызывает споров: он самый распространённый в русских фамилиях и указывает на то, что основа была мужским именем или прозвищем, оканчивающимся на твёрдый согласный. Интереснее здесь сама основа. Если имя Фока было достаточно известно (святой Фока Синопский, Фока Вергратский), то форма Фокт — уже локальное, диалектное явление. Встречается она преимущественно в северных и центральных областях России, где имя Фока было в ходу у крестьян и мещан, а не в дворянской среде.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с прозвищем от глагола «фоктать» — в некоторых говорах так называли человека, который говорит с присвистом, фыркает или пыхтит. Но такое прозвище — большая редкость, и слово «фоктать» почти не фиксируется в словарях диалектов. Поэтому версия с именем Фока остаётся основной и самой логичной: фамилия Фоктова — это «отчество» от имени, которое в XIX веке уже считалось простонародным, а сейчас почти вышло из употребления.

Географически фамилия Фоктова привязана к тем же регионам, что и Фоктов, Фокин, Фокинский — к северу и северо-востоку Европейской России. Встречается она в Вологодской, Архангельской, Костромской областях. Носительницы этой фамилии — потомки тех, кого в документах записывали как «Фоктов», то есть по отцу, которого звали Фокт, а в миру, скорее всего, просто Фока.