Фамилия Фомакина — женская форма фамилии Фомакин, и её происхождение напрямую связано с мужским именем Фома. В русской традиции имена, заимствованные из греческого через церковнославянский язык, дали огромный пласт фамилий, и Фома — не исключение. Имя Фома (от арамейского «близнец») было распространено на Руси, особенно в крестьянской и купеческой среде, благодаря евангельскому апостолу Фоме. От этого имени образовались уменьшительные и обиходные формы: Фомка, Фомак, Фоманя. Фамилия Фомакин произошла от формы Фомака — так в быту могли называть человека по имени Фома.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Фомакин буквально означал «сын Фомаки» или «человек из рода Фомаки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я (сравните: Ильин, Кузьмин, Никитин). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу (Иванов — сын Ивана), фамилии на -ин могли фиксировать прозвище или более близкое обиходное имя. Таким образом, предок носительницы фамилии Фомакина, скорее всего, был простым человеком, которого в деревне или посаде звали Фомака.

Интересно, что фамилия Фомакин (и её женская форма) встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Вятской, Костромской и Вологодской губерниях. В этих местах имя Фома было очень популярно, а суффикс -ак (-ака) часто использовался для образования прозвищ (Горбак от горб, Болдак от болда — дубина). Поэтому Фомака могло быть не просто уменьшительным, а ироничным или ласковым прозвищем для человека с именем Фома, которое закрепилось как фамильное.

С точки зрения социального контекста, Фомакины — это почти всегда крестьянский или мещанский род. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется, что подтверждает её народное, «низовое» происхождение. В церковных метриках XVIII–XIX веков можно найти множество записей о крестьянах Фомакиных в Ярославской и Нижегородской губерниях. Иногда фамилию путают с Фоминым (от Фома), но разница в суффиксе существенна: Фомин — прямо от имени, а Фомакин — от прозвищной формы, что говорит о более поздней и локальной фиксации.