Фамилия Фомагина — женская форма фамилии Фомагин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. В основе фамилии лежит имя Фома — русская форма канонического крестильного имени Фома (от арамейского «теома» — близнец). Но сама фамилия образована не напрямую от имени, а через прозвище или отчество с необычным суффиксом.

Здесь ключевой момент — суффикс «-агин». В русской ономастике он встречается реже, чем стандартные «-ов», «-ев» или «-ин». Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ или форм имени с помощью суффикса «-ага» (например, Фомага). Суффикс «-ага» придавал слову оттенок просторечия или уменьшительности, иногда с лёгкой пренебрежительностью. То есть Фомага — это не просто Фома, а, скажем, «Фомка», «Фомушка» в народном, нецерковном звучании. Соответственно, Фомагин — «сын Фомаги», а Фомагина — «дочь или жена Фомагина».

Вероятнее всего, предок по мужской линии получил прозвище Фомага в бытовом общении — либо по имени, либо по сходству с библейским персонажем (Фома неверующий). Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, где сохранились архаичные суффиксальные модели. Важно отметить: в отличие от фамилий на «-ин» от имён на «-а» (например, Фомин), вариант Фомагин закрепился в письменных источниках позже, в XVII–XVIII веках, когда приказные люди фиксировали крестьянские прозвища в документах.

Никакой связи с греческим или иным иностранным корнем здесь нет — это чисто русская модель словообразования, уходящая в народную речь.