Фамилия Фоминиский — один из тех случаев, когда написание подсказывает происхождение точнее, чем звучание. Форма на -ский указывает на географическое или топонимическое происхождение: такую фамилию мог получить человек по названию места, где жил или откуда был родом. В основе лежит имя Фома (в церковной традиции — апостол Фома), а суффикс -ин- в данном случае не патронимический (как в Фомин), а входит в основу топонима. То есть предок был не «сыном Фомы», а «тем, кто из Фоминина» или «из Фоминского».

Наиболее вероятная модель: от названия деревни или села Фоминино, Фоминское или Фоминичи. Таких топонимов в России десятки — от Вологодчины до Сибири. Суффикс -ский в фамилии — типичный признак «дворянской» или «служилой» модели XVIII–XIX века, когда помещикам и чиновникам давали фамилии по названиям их имений. Однако Фоминиский мог появиться и у крестьянина, переселившегося из одной деревни в другую: в документах его записывали «Фоминский» (то есть из Фомина), а на письме со временем закрепилась форма с двойным «и».

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает разобраться в нюансах. Фомин — самая массовая фамилия от имени Фома, она означает «чей-то сын» (патроним). Фомичев — вариант с другим суффиксом, тоже от Фомы. А вот Фоминиский стоит особняком: он не говорит о прямом родстве с конкретным Фомой, а привязывает носителя к определённой местности. Иногда встречается вариант Фоминский (с одной «и»), который мог возникнуть как упрощение, но Фоминиский — более редкая и архаичная форма, сохранившая двойное «и» в суффиксе.

В дореволюционных метриках фамилия встречается в основном в центральных губерниях — Московской, Владимирской, Тверской. Социальный состав носителей был пёстрым: от священников (семинаристы часто получали фамилии по названиям сёл) до мещан и крестьян. Дворянский род с такой фамилией не зафиксирован, так что версия о «благородном» происхождении маловероятна. Скорее всего, предок был выходцем из села Фоминино или Фоминское, и при переписи его записали по месту жительства — именно так и появлялись «географические» фамилии на -ский.