Фамилия Фоминов — это редкий случай, когда отчество второго порядка закрепилось в качестве самостоятельной фамилии. Если разложить цепочку, получается: Фома — Фомин — Фоминов. То есть Фоминов — это сын Фомина, внук Фомы. Имя Фома пришло из арамейского и означает «близнец». В греческом Новом Завете это имя носил один из двенадцати апостолов, Фома, который усомнился в воскресении учителя, пока не увидел его ран собственными глазами. Отсюда и пошло выражение «Фома неверующий», ставшее нарицательным для любого недоверчивого и скептичного человека.

Суффикс -ов в основе Фомин — это классический русский патроним, указывающий на принадлежность отцу. А вот добавление второго суффикса -ов к уже готовому отчеству — приём, который встречается гораздо реже. Такой способ словообразования говорит о том, что фамилия закрепилась поздно, когда имя Фома уже не было распространено в быту, и люди воспринимали Фомина как самостоятельную основу, а не как «сына Фомы». По той же модели возникли, например, фамилии Ильинов (от Ильин) или Сергеев (от Сергей), но Фоминов сохранил более архаичный облик.

Интересно, что в старину фамилию Фоминов могли дать не только внуку Фомы, но и человеку, который был незаконнорождённым сыном Фомина или воспитанником в его семье. В крестьянской среде, где отчества передавались по наследству без особого учёта, такая двойная форма часто закреплялась за целым родом, чтобы отличать его от других ветвей с той же корневой основой. Географически фамилия встречается преимущественно в северных и центральных регионах России, где имя Фома было особенно популярно в XVI–XVII веках.

Отдельно стоит упомянуть, что в некоторых говорах фамилию могли произносить с ударением на последний слог — Фоминов, что указывает на возможное влияние украинской или белорусской традиции, где подобные формы более типичны. В русском литературном языке ударение, как правило, падает на второй слог — Фоминов. Несмотря на кажущуюся простоту, эта фамилия — живой пример того, как язык сохраняет в себе следы давно ушедших социальных и семейных отношений.