Фамилия Фомкова — это женская форма, а мужская, Фомков, встречается реже. В основе лежит имя Фома, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка, где оно означало «близнец». Но путь от имени до фамилии не прямой, и здесь есть одна особенность, которая отличает Фомковых от, скажем, Фоминых или Фомичёвых.

Суффикс -ов- в фамилии Фомков указывает на модель образования от прозвища или отчества, заканчивающегося на твёрдый согласный. Исходная форма — Фомка. Это не просто уменьшительное от Фома, а вполне самостоятельное имя в бытовом, нецерковном обиходе. В XVI–XVII веках Фомкой могли называть не только ребёнка, но и взрослого крестьянина или посадского человека — в документах того времени полные имена часто заменяли краткими формами. Таким образом, Фомков буквально означает «сын Фомки» или «человек из рода Фомки».

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «фомка» — это прозвище хитрого, изворотливого человека или, напротив, простака, которого легко обмануть. Связь с библейским Фомой Неверующим дала прозвищу двойственное значение: с одной стороны, недоверчивость, с другой — упрямство. В ономастических работах, например у Б. Унбегауна, такие фамилии на -ов от прозвищ рассматриваются как обычное явление, и Фомков здесь не исключение.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России: в переписях XIX века Фомковы встречаются в Вологодской, Костромской, Вятской губерниях. Это говорит о крестьянском происхождении большинства носителей — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересно, что фамилия Фомков не получила массового распространения, в отличие от Фоминых, которые встречаются повсеместно. Причина в том, что форма Фомка была менее употребительна в официальных документах, чем полное имя Фома. Поэтому Фомковы — это, скорее всего, потомки конкретных людей, которых в быту звали именно Фомкой, и фамилия закрепилась в локальных, замкнутых сообществах.