Фамилия Фонькина — женская форма фамилии Фонькин, которая относится к группе так называемых «полуотчеств» на -ин. Модель простая: к основе, оканчивающейся на согласный или гласный, добавляли суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Фонькин. В русской ономастике это одна из древнейших и самых распространённых моделей, наряду с -ов/-ев, но здесь она образована не от полного церковного имени, а от его просторечной, обиходной формы.

Основа фамилии — имя Фонька. Это уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма от канонического имени Афанасий. Афанасий в переводе с греческого означает «бессмертный». В народной речи имя претерпело сильное сокращение: Афанасий → Фаня → Фоня → Фонька. Такая цепочка типична для русской антропонимии: полное имя заменялось коротким, а затем к нему крепился патронимический суффикс. Таким образом, Фонькин изначально означал «сын Фоньки», то есть потомок человека, которого в быту звали Фонькой.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «фонька» могло быть прозвищем, образованным от слова «фоня» — так в ряде регионов называли простака, разиню или нерасторопного человека. Но эта гипотеза слабее: во-первых, прозвище «Фоня» в значении «простофиля» фиксируется в словарях, но встречается редко, а во-вторых, массовое бытование фамилии Фонькины в центральных и северных губерниях России (Вологодская, Костромская, Ярославская) совпадает с зоной распространения имени Афанасий в его местных формах. Так что версия с именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Фонькина (и Фонькин) встречается нечасто, но имеет выраженную привязку к Верхневолжью и Русскому Северу. В документах XVIII–XIX веков Фонькины — в основном государственные крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Это типичная крестьянская фамилия, возникшая из уличного прозвища или отчества и закрепившаяся в быту.

Интересная деталь: суффикс -ин в фамилиях такого типа часто указывает на то, что основа оканчивалась на -а или -я. Именно поэтому мы говорим «Фонькин», а не «Фоньков» — это прямое указание на то, что исходное имя или прозвище звучало как Фонька. Такое написание сохранилось в неизменном виде, несмотря на то что в современном русском языке имя Фонька практически вышло из употребления.