Фамилия Фонькин — нечастый случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, и притом довольно редкое. Она образована по стандартной модели русского именования: к основе «Фоньк-» добавили суффикс «-ин», указывающий на принадлежность («чей?»). Такая модель в XVI–XVII веках закрепилась за фамилиями, которые произошли от слов с окончанием на -а или -я. То есть Фонькин — буквально «сын (или потомок) Фоньки».

Само прозвище Фонька — это, скорее всего, уменьшительная форма от слова «фоня», которое в северных и центральных говорах России означало «простофиля», «разиня» или «неповоротливый человек». В словаре Даля «фонить» — говорить вздор, пустословить. Таким образом, Фонькой могли назвать медлительного, немного рассеянного или, наоборот, болтливого человека. Это не оскорбительное, а бытовое прозвище, каких много среди русских фамилий.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых регионах «фоня» — диалектное название фонаря или светильника. В этом случае прозвище могли дать человеку, который делал фонари, торговал ими или просто был очень бледным, «светящимся» лицом. Но эта гипотеза слабая: слово «фоня» в значении «фонарь» встречается редко и не дало массовых фамилий.

Интересно, что фамилия Фонькин почти не встречается за пределами России. Она не имеет отношения к немецкому «фон» (дворянская приставка) — это чисто русская, крестьянская или мещанская фамилия. Встречается она преимущественно в центральных областях России и в Поволжье. В дореволюционных переписях Фонькины чаще всего записаны как государственные крестьяне или мещане.

Если рассматривать фамилию в ряду однокоренных, то она стоит особняком. Есть фамилии Фонин, Фонякин, Фонькин — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Фонькин — самая редкая из них, что делает её своеобразным маркером: носители этой фамилии, скорее всего, происходят из одной небольшой местности, где прозвище закрепилось за конкретным родом.