Фамилия Фонусев восходит к крестильному мужскому имени Афанасий (в переводе с греческого – «бессмертие»), точнее к его просторечной форме Фонусь. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фонусь, со временем получил фамилию Фонусев.