Фамилия Фонусев образована от просторечной формы крестильного имени Афанасий — Фонусь. Само имя пришло из греческого языка и означает «бессмертие». Так что, если коротко, предки носителей этой фамилии звались Фонусем, а их дети и внуки стали Фонусевыми.

Разбираем словообразовательную модель. В основе лежит имя Фонусь — это народный, разговорный вариант канонического Афанасий. В русской традиции такие сокращённые и усечённые формы были обычным делом: длинные имена в быту резали до одного-двух слогов. Фонусь — характерный пример: от Афанасия осталась вторая часть с начальным «ф», а мягкий знак на конце указывает на мужской род. От этого имени через притяжательный суффикс -ев и возникла фамилия: Фонусев, то есть «сын Фонутя». Суффикс -ев, а не -ов, объясняется мягкой основой: после мягкого согласного «с» по правилам русской орфографии пишется именно -ев.

Тут стоит сделать небольшое отступление. Имя Афанасий в старину было очень распространено на Руси, поэтому его производных форм накопилось множество. Кроме Фонуся, встречались Фоня, Фоний, Афоня, Афонька, Феша. От каждого такого варианта пошла своя фамилия: Фонин, Фониев, Афонин, Афонькин, Фешин. Фонусев стоит в этом ряду особняком — эта форма встречается заметно реже, что делает фамилию более локальной и узнаваемой.

Историческая логика проста: в документах XV–XVII веков крестьянина или посадского человека записывали по имени-прозвищу, а его детей — с прибавлением отчества. Сначала это звучало как «Иван Фонусев сын», а потом закрепилось просто «Фонусев». Так потомок человека по имени Фонусь, жившего несколько столетий назад, получил свою родовую фамилию. Сословной привязки у неё нет — так могли называть и крестьянина, и ремесленника, и служилого человека, потому что имя было общенародным.

Отдельно отметим написание. Встречается вариант с одной «с» — Фонусев, и он основной. Двойная «с» в написании иногда проскакивает в документах, но это скорее ошибка или влияние других фамилий, например Фонусов. Кстати, вариант Фонусов тоже существует, но он образован от другой формы того же имени — Фонус, без мягкого знака, и по сути является родственным.

Если говорить о географии, фамилия не привязана к какому-то одному региону. Как и другие фамилии от Афанасия, она встречается там, где исторически жило русское население, но из-за редкости формы Фонусь концентрация носителей невелика. Это не массовая фамилия, и именно в этом её ценность: по ней легко проследить, что предки сохранили в быту именно ту форму имени, которая не стала общеупотребительной.