Фамилия Фонусев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Фонусев послужило церковное имя Афанасий. Фамилия Фонусев восходит к крестильному мужскому имени Афанасий (в переводе с греческого – «бессмертие»), точнее к его просторечной форме Фонусь. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фонусь, со временем получил фамилию Фонусев. О точном месте и времени возникновения фамилии Фонусев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Фонусев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.