Фамилия Фонусов — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, прозвище, связанное с латинским словом. Модель образования здесь простая: к основе «Фонус» добавили типичный русский патронимический суффикс «-ов», означающий «сын» или «потомок». То есть Фонусов — это «сын Фонуса».

Самая прямая версия отсылает к латинскому «fonus» — в средневековой учёной и церковной среде так называли звук, голос, а иногда и музыкальный тон. Прозвище Фонус мог получить человек с громким, звучным голосом, певчий, звонарь или просто говорун. В России XVII–XVIII веков латынь была языком духовных семинарий, академий и врачебного дела, поэтому носители такой фамилии могли выйти из среды причётников, учителей или лекарей — тех, кто соприкасался с книжной культурой.

Менее вероятна, но возможна связь с немецкой фамилией Фонус (Fonus) или её вариантом Фонусен — у переселенцев из немецких земель, которых в XVIII веке приглашали в Россию. В таком случае основа могла быть топонимической или искажённой формой другой фамилии, но для русского уха она звучала как прозвище и легко русифицировалась с помощью суффикса «-ов».

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, Фонусовы рассеяны точечно: несколько семей зафиксированы на Урале, в Сибири и в центральных областях России. Никаких дворянских родов или массовых переселений с этой фамилией не связано — это скорее «кабинетная» фамилия, возникшая в среде грамотных людей, а не в крестьянской общине. Если ваш предок носил её, он, вероятно, имел отношение к церкви, школе или медицине.