Фамилия Фрыженкова — женская форма мужской фамилии Фрыженков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Фрыженок. Ключевая особенность здесь — суффикс -енок, типичный для восточнославянских фамилий, особенно распространённых на территории современной Беларуси и в южных русских областях. Суффикс -енок (в старом написании -ёнок) изначально означал «маленький, молодой» или «сын»: Фрыженок — это «маленький Фрыж» или «сын Фрыжа».

Основа «Фрыж-» — самая загадочная часть. Она не встречается в распространённых святцах, поэтому версия о происхождении от крестильного имени маловероятна. Скорее всего, это прозвище, и здесь возможны два основных пути. Первый: искажённое «фрыз» или «фряг» — в древнерусском языке так называли выходцев из Южной Италии (собирательно «фряги», от итал. «Franco» — «франк»). Прозвище Фряг или Фрыг могли дать человеку с южной внешностью или тому, кто побывал в тех краях. Второй, не менее правдоподобный вариант: прозвище связано с диалектным глаголом «фрыкать» или «фрызгать» — в некоторых говорах это означало «брызгать, прыскать», а в переносном смысле — «говорить быстро и невнятно, фыркать». Человека с такой манерой речи вполне могли прозвать Фрыж или Фрыз.

Таким образом, исходное прозвище Фрыж (или Фрыга) дало форму Фрыженок — «сын Фрыжа». Фамилия Фрыженков (а затем и Фрыженкова) закрепилась, когда потомки стали передавать её по наследству. Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям — именно там суффикс -енок был особенно продуктивен. Встречаются и варианты написания с буквой «е» после «р» — Фреженков, что может указывать на местное аканье или просто описку в документах.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам. Фамилии на -енок редко встречались у дворянства, так как эта модель была народной, «уличной», и часто фиксировалась в церковных метриках как вторая, неофициальная фамилия. Точных сведений о дате первого упоминания нет, но по модели образования фамилия могла сложиться не позднее XVII–XVIII веков, когда шло активное закрепление прозвищ в качестве родовых имён.