Фамилия Фудашкина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «Фудашк-», не встречается в списках распространённых русских имён или прозвищ, поэтому разбор приходится начинать с двух конкурирующих версий, каждая из которых опирается на особенности словообразования.

Первая и наиболее вероятная гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «фуда» или «фудашка». В русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, «фуда» — это грубая, некрасивая вещь, хлам, а также неряшливый или неуклюжий человек. Суффикс «-шк-» в прозвищах часто придаёт пренебрежительный или уменьшительный оттенок: Фудашка — «неуклюжий, неопрятный человек». От такого прозвища по модели «Фудашка → сын Фудашки → Фудашкин» и возникла фамилия. Форма Фудашкина — женская, принадлежащая дочери или жене носителя фамилии.

Вторая версия, менее обоснованная, но не исключённая, — иноязычный корень. Фамилия могла возникнуть в среде татар или башкир, где основа «фуда» (от арабского «фуад» — сердце) дала бы прозвище «Фудаш», а затем с русским суффиксом «-ин» — Фудашкин. Однако такая цепочка менее естественна, так как прозвища на «-шк-» характерны именно для русской народной среды, а не для тюркской адаптации.

Географически фамилия встречается единично — в основном в Волгоградской области и на Урале. Это говорит о том, что она не вышла за пределы одной-двух крестьянских семей, а её носители, скорее всего, были выходцами из старообрядческих или севернорусских переселенческих групп. Сословная принадлежность — почти наверняка крестьянство: прозвищные фамилии с бытовой, нелестной основой редко встречались у дворян или духовенства. Фудашкины, вероятно, жили в глухих деревнях, где прозвище закрепилось за родом именно из-за яркой внешней или поведенческой черты предка.