Фамилия Фудаева — женская форма, а мужская, Фудаев, образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ев. Суффикс указывает на принадлежность («чей?» — Фудаев), то есть предок носителя фамилии был человеком по прозвищу Фудай.

Корень «Фуд-» в русских говорах — редкий и неоднозначный. Самое вероятное объяснение: основа связана с диалектным глаголом «фудать» или «фудеть», который в ряде областей (особенно на юге и юго-западе России) означал «дуть», «веять», «дышать с шумом». Прозвище Фудай могли дать человеку с тяжёлым дыханием, либо тому, кто работал с мехами (кузнец, стеклодув) и постоянно раздувал огонь. Менее вероятная, но допустимая версия — искажение тюркского имени или прозвища, например, от «фуда» (беда, несчастье) в диалектах Средней Азии, но без надёжных письменных подтверждений это остаётся догадкой.

С географической точки зрения фамилия Фудаев встречается нечасто. Основные очаги — Ростовская область, Краснодарский край, а также некоторые районы Украины (Донецкая, Луганская области). Такое распределение подтверждает связь с южнорусскими говорами, где «фуданье» — не книжное слово, а живое, бытовое. В северных и центральных регионах России фамилия почти не фиксируется.

Сословно Фудаевы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами. Суффикс -ев (а не -ов) часто указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или «й»: Фудай → Фудаев. В документах XVIII–XIX веков такую фамилию могли записать и как «Фудаевъ», и как «Фудай», в зависимости от грамотности писаря.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет. Можно вспомнить разве что Фудин или Фуденков, но они ещё реже. Это делает Фудаеву интересным ономастическим маркером: фамилия не потерялась в массе, а сохранила редкое прозвище, которое сегодня без словаря диалектов уже не прочтёшь.