Фамилия Функендорф — яркий пример немецкого топонимического наследия в России. Она не славянская и не искусственная, а указывает на конкретное географическое происхождение предка. Основа фамилии — сложное немецкое слово «Funckendorf» или «Funken-dorf», где «Dorf» означает «деревня», а первая часть восходит либо к личному имени Funcke (уменьшительная форма от имени Фридрих, распространённая в средневековой Германии), либо к прозвищу «Funke» — «искра» (так могли называть кузнеца или вспыльчивого человека). Таким образом, Функендорф — это «деревня Функе» или «деревня у кузницы».

В России фамилия появилась вместе с волнами немецких колонистов, которых приглашали Екатерина II и Александр I для освоения Поволжья и Новороссии. Немцы, селившиеся компактными общинами, часто получали фамилии по названию родного места выхода. Поэтому предки современных Функендорфов с высокой вероятностью происходили из одной из деревень с таким названием на территории современной Германии (например, в Саксонии или Тюрингии) и сохранили топоним как родовое имя.

Модель образования фамилии — чистая, без суффиксов. В немецкой ономастике такие фамилии называют «Wohnstättennamen» (имена по месту жительства). В русском контексте фамилия не склонялась и не русифицировалась, что говорит о сравнительно позднем появлении и сохранении этнической идентичности. Встречается она редко, преимущественно среди потомков поволжских немцев, а также в среде российских немцев, депортированных в 1941 году в Сибирь и Казахстан.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия не содержит славянских суффиксов принадлежности (-ов, -ин), которые превратили бы её в «Функендорфов». Это указывает на то, что в быту фамилию воспринимали как иноязычное целое, не адаптируя под русскую грамматику. Поэтому в метрических книгах XVIII–XIX веков она могла записываться как Функендорфъ, с твёрдым знаком на конце, без изменений по падежам.