Фамилия Габагуева — редкая и сложная для этимологии. Её основа, судя по всему, не славянская, а кавказская, и образована она по русской модели с суффиксом притяжательности. Финаль -ев указывает на то, что перед нами русифицированная форма: к исходной фамилии добавили русский суффикс, чтобы адаптировать её к местной паспортной системе. Без этого суффикса фамилия звучала бы как Габагу(а) — и это ключ к её происхождению.

Наиболее вероятный ареал бытования — Северный Кавказ, в первую очередь Осетия и Ингушетия, реже Чечня. В осетинском языке есть мужское имя Габаг (Гæбæг), которое, по одной из версий, восходит к тюркскому «кабак» — тыква. В переносном смысле так могли прозвать плотного, коренастого человека. Женская форма фамилии Габагуева образована от мужской Габагуев, что типично для русской грамматики: дочь или жена Габагуева. В самой же осетинской традиции фамилия не меняла окончание по полу.

Суффикс -гу- в середине фамилии — не русский, а, скорее всего, осетинский или вайнахский формант, который входит в состав личного имени. Например, в ингушском языке компонент «га» или «гу» может означать «сила», «мощь». Таким образом, Габагуева — это «принадлежащая потомку Габага». Фамилия не имеет отношения к русским словам «габарит» или «габион»; все попытки связать её со славянскими корнями ошибочны.

Социальный статус носителей фамилии в XIX веке, скорее всего, был крестьянским или военно-служилым, как у большинства горских народов, чьи фамилии фиксировались при переселении на равнину или в ходе ревизий. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Встречается она крайне редко: по открытым данным, в России насчитывается не более нескольких десятков человек с фамилией Габагуева, и почти все они сосредоточены в Северной Осетии и Ингушетии.