Первая из них образована от имени Гаджи. Оно является диалектным вариантом арабского мужского имени Хаджи, которое в переводе на русский язык означает «человек, совершивший хадж — паломничество в священный мусульманский город Мекку». Вторая часть — хан — в переводе с тюркского означает «правитель, властитель, монарх». Таким образом, фамилия Гаджиханов буквально значит «правитель, совершивший хадж». Вероятно, ее основатель принадлежал к знатному, правящему роду и был истинным мусульманином, чтившим предписания Корана.