Фамилия Гаджиханов — составная, и её значение буквально прочитывается как «правитель, совершивший хадж». Первая часть восходит к имени Гаджи, диалектной форме арабского имени Хаджи. Так называли человека, который выполнил один из главных обетов ислама — паломничество в Мекку. Вторая часть — хан, тюркский титул, означающий «правитель, властитель, монарх». Соединение этих двух компонентов в одной фамилии — редкий случай, когда религиозный статус и социальное положение оказались скреплены в прозвище основателя рода.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии принадлежал к знатному, правящему роду и при этом был истинным мусульманином, чтившим предписания Корана. Титул «хан» в данном случае мог указывать не на реальную власть, а на происхождение из привилегированного сословия. Сама модель образования фамилии — от прозвища, состоящего из двух корней, с последующим присоединением русского патронимического суффикса -ов — типична для народов Кавказа и Поволжья, где в XIX–XX веках фамилии оформлялись по общероссийскому образцу.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких же двукорневых фамилий, как Гаджимурадов, Гаджиев, Ханов. Интересно, что имя Гаджи в качестве основы встречается не только у тюркских, но и у кавказских народов (например, у аварцев и лезгин), поэтому географически фамилия Гаджиханов распространена в Дагестане, Чечне, а также среди азербайджанцев. Встречается и вариант написания с «дж» — Гаджиханов, что передаёт мягкое произношение звука, характерное для многих тюркских и кавказских языков.