Фамилия Гаголкин образована от прозвища Гаголка: так в уральских говорах называли болтливого человека. Следовательно, фамилия Гаголкин может указывать на особенности характера предка — слово «гаголка» напрямую связано с глаголом «гагакать», то есть говорить без умолку, шуметь. Это объяснение выглядит наиболее убедительным, так как фамилия зафиксирована именно в уральском регионе, где подобная лексика была в ходу.

Менее вероятна версия, связывающая фамилию со словом «гоголь». Распространенное ранее выражение «ходить гоголем» означало держаться важно, величаво, напыщенно. Следовательно, прозвище Гоголка, Гаголка мог получить спесивый и заносчивый человек. Поэтому возможно, что основатель рода Гаголкиных любил следовать за модой, вел роскошный, праздничный образ жизни. Однако здесь есть фонетическая натяжка: замена «о» на «а» (Гаголка вместо Гоголка) в корне слова нехарактерна для русских говоров, где подобное «аканье» встречается редко и чаще всего в безударной позиции, а не под ударением.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Гаголкин — сын Гаголки. Это один из самых распространённых типов русских фамилий, характерный для северных и центральных губерний.

О точном месте и времени возникновения фамилии Гаголкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Гаголкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.