Фамилия Гаинанов — редкий пример, где тюркская основа «приросла» русским суффиксом, но с неожиданным поворотом. На слух она кажется типичной фамилией на -ов, образованной от имени Гаинан. И это первая, самая очевидная версия: имя Гаинан (Гайнан) — башкирская или татарская форма арабского Гайнан (от гайн — «богатство»). Тогда Гаинанов буквально означает «потомок Гаинана». В таком случае фамилия должна была бы писаться через Й: Гайнанов, и такие фамилии действительно встречаются.

Но написание через И — Гаинанов — подсказывает другую, более редкую модель. Здесь мог сработать суффикс -ин, который в русском языке образует фамилии от основ на -а, -я. Если прозвище или имя предка звучало как Гаина (возможно, искажённое Гайна или производное от глагола гаить в значении «шуметь, кричать»), то фамилия строится по схеме «чей?» — Гаинин. Но в разговорной речи или при записи в документах суффикс -ин мог перейти в -анов под влиянием более массовой модели на -ов. Такое смешение — не редкость в XIX веке, когда писарь на слух записывал фамилию крестьянина, «подгоняя» её под привычный шаблон.

Географически фамилия тяготеет к регионам смешанного русско-тюркского населения: южный Урал, Оренбуржье, Башкортостан. Там и сегодня встречаются как Гайнановы, так и Гаинановы. Если корень тюркский, предки могли быть башкирами, татарами или мишарями, принявшими православие — в таком случае фамилию фиксировали в метрических книгах уже по-русски. Если же основа славянская (от прозвища Гаина), то носители — выходцы из северных или центральных губерний, где слово «гай» означало лес, а «гаить» — кричать или гнать.

Точных сведений о сословной принадлежности Гаинановых нет: фамилия не попала в дворянские родословные книги, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Спорная версия о связи с казахским именем Ғайнан (от араб. «глаз», «источник») маловероятна для русской фамилии — такое имя в Казахстане давали, но оно почти не проникало в русскую антропонимию. Самый правдоподобный ответ: Гаинанов — это либо «русифицированный» вариант башкирской фамилии Гайнанов, либо редкий случай, когда фамилия на -ин перешла в более привычный ряд на -ов.