Фамилия Гадынанов — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не несёт отрицательного смысла, хотя на слух воспринимается именно так. В основе лежит не «гад» в современном значении «мерзкий человек», а его древнее, нейтральное значение — «ползучее существо», «пресмыкающееся», «змея». В древнерусском языке слово «гад» обозначало любую живность, которая передвигается ползком или прыжками: змей, ящериц, лягушек, мышей. До сих пор в биологии сохранилось понятие «гады» как устаревшее название земноводных и пресмыкающихся.

Фамилия образована по продуктивной модели «прозвище + суффикс -ин- + суффикс -ов». Сначала появилось прозвище Гадына — так могли назвать человека за сходство с ужом или ящерицей (например, за гибкость, юркость, умение ускользать), либо за профессию, связанную с ловлей змей или уходом за ними. Затем от прозвища Гадына образовалось притяжательное прилагательное «Гадынин» («сын Гадыны»), а к нему добавился суффикс -ов, что характерно для фамилий, оформленных уже в официальных документах XIX века. Двойной суффикс — явление нечастое, но встречающееся: например, фамилии Марьинов (от Марьяна) или Сонинов (от Софья). Это указывает на то, что первоначальная форма «Гадынин» могла быть переделана под более привычный для канцелярии патроним на -ов.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где слово «гад» в значении «змея» было особенно употребительно, а также к казачьим областям. В реестрах Войска Запорожского встречаются прозвища Гадына, Гаденко — это косвенно подтверждает, что основа не ругательная, а описательная. В северных говорах «гад» чаще означал «нечисть», поэтому носители фамилии Гадынанов с большей вероятностью происходят из чернозёмной полосы или Придонья.

Версия о происхождении от тюркского или кавказского имени «Гадын» (женщина, госпожа) маловероятна: суффикс -анов характерен для русских фамилий, а не для тюркских, и форма «Гадынанов» не вписывается в модель «Гадын + -ов» (было бы Гадынов). Так что основная и единственная правдоподобная гипотеза — прозвищная, от «гада» как змеи или ящерицы.