Фамилия Ганаполский — одна из тех, где внешне славянская форма скрывает корни, уходящие в греческий язык. В первую очередь бросается в глаза суффикс -ский, характерный для польской, украинской и белорусской шляхты, а также для фамилий, образованных от географических названий. Однако основа «Ганапол-» не встречается в славянской топонимике, что указывает на искусственное или перенесенное происхождение.

Скорее всего, перед нами фамилия семинарского происхождения. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии, образованные от греческих слов. В данном случае основа восходит к греческому «ἁγνός» (hagnos) — «чистый, непорочный», и «πόλις» (polis) — «город». Таким образом, Ганаполский — это «священноградец» или «житель чистого города». Искусственное переосмысление на славянский лад через суффикс -ский было типичным приемом: так появлялись фамилии вроде Афинский, Иеропольский или Смирнский.

Менее вероятна, но не исключена версия, что фамилия могла возникнуть от названия реального населенного пункта. В польских и украинских землях встречаются топонимы с корнем «Гана» (например, Ганна), но сочетание с «поль» (поле) не зафиксировано в известных справочниках. Если такой хутор или местечко существовали, то фамилия указывала бы на выходца оттуда, но доказательств этому нет.

Поскольку фамилия редкая и книжная, ее носители, скорее всего, происходили из духовного сословия. В XIX веке священники с фамилией Ганаполский могли служить в приходах на территории современной Украины или Беларуси, где была сильна традиция греко-католической или православной семинарской ономастики. С течением времени фамилия утратила сословную привязку и теперь воспринимается как просто редкая, но с ясной и благородной этимологией.