Фамилия Ганесен — редкий пример скандинавской модели образования на русской почве. Её основа — личное имя Ганс (Hans), немецкая или датская краткая форма от Иоганн (Johann), то есть Иван. Суффикс -сен (-sen) в датском, норвежском и северонемецком означает «сын»: Ганесен буквально — «сын Ганса». Такие фамилии массово закрепились в Дании и Норвегии в XIX веке, когда патронимы (отчества) стали наследственными.

На русском языке фамилия выглядит как калька с датского написания — через «е», а не через «э», что типично для передачи иноязычных имен в дореволюционной и советской традиции. В самой Скандинавии вариант Ganesen встречается нечасто: распространённее Hansen или Hannesen. Вероятно, предок носителя фамилии был выходцем из Дании или Норвегии, который обосновался в Российской империи — возможно, среди обрусевших немцев или скандинавских переселенцев в Прибалтике, Петербурге или на юге страны.

Другая, менее правдоподобная версия — искусственное происхождение. В конце XIX — начале XX века некоторые еврейские семьи в Российской империи получали фамилии, образованные от имени Гана (Hana) с добавлением -сен, что давало бы значение «сын Ханы». Но для этого написания ожидалось бы Ганесен с ударением на первый слог, тогда как в скандинавской модели ударение падает на второй. Первая версия надёжнее: она опирается на реальную ономастическую практику и типовую миграцию.

По фамилии Ганесен нет массовых статистических данных в современных российских справочниках — это редкая фамилия, не попавшая в основные словари (Унбегауна, Никонова). Встречается она единично, в основном в центральных регионах России и в бывших республиках Прибалтики. Если вы носитель этой фамилии, ваши предки почти наверняка были скандинавами, переехавшими в Россию по работе или в ходе переселений XVIII-XIX веков, и фамилия сохранила исходное звучание без русификации.