Фамилия Ганеевы принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от имени собственного. Её основа — имя Ганя, которое в народной традиции было одной из уменьшительных форм крестильного имени Гавриил. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни и переводится как «божественный воин». Таким образом, большинство носителей фамилии Ганеевы — потомки человека, которого в быту звали Ганей, а его дети и внуки получили фамилию по отцу: Ганя + суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Ганеев).

Однако есть и другие версии происхождения, и разбирать их стоит с осторожностью. По одной из них, фамилия могла произойти от прозвища Гана, которое в украинском языке означает «осуждение». Если это так, то предка могли прозвать за образ жизни, отличный от общепринятого, — за то, что его осуждали односельчане. Эта гипотеза правдоподобна лишь отчасти: прозвища с таким корнем встречаются в южнорусских и украинских говорах, но массово фамилия Ганеевы распространена скорее в Поволжье и среди тюркоязычных народов, что наводит на другую мысль.

Дело в том, что фамилия Ганеев (и её вариант Ганеевы) очень характерна для татар, башкир и других народов, где распространены имена с корнем «Гани» (от арабского «богатый», «состоятельный»). В этом случае основа — не Гавриил и не украинское «гана», а мусульманское имя Гани, Ганей, которое легко русифицировалось с помощью суффикса -ев. Версия с тюркским корнем для фамилии Ганеевы выглядит даже более убедительной, чем славянская, особенно если учесть географию: множество Ганеевых живёт в Татарстане и Башкортостане.

Что касается третьей гипотезы — о европейском прозвище Ganey, которое якобы переводится как «скованный» и указывает на нерешительность предка, — она наименее вероятна. Такие заимствования в русской среде единичны и не подтверждаются массовыми данными. Скорее всего, это позднее переосмысление фамилии, а не её реальная этимология.

О точном времени возникновения фамилии Ганеевы говорить сложно: процесс формирования фамилий у разных сословий и народов шёл не одновременно. В русской среде такие фамилии на -ев закреплялись в XVI–XVII веках, у татар — несколько позже, в XVIII–XIX веках, после присоединения Поволжья. В любом случае, фамилия Ганеевы — не просто памятник славянской письменности, а яркий пример того, как одна и та же фамилия может иметь разные корни в зависимости от региона и национальности предков.