Фамилия Ганешин образована от имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: фамилия буквально значила «сын Ганеши» или «человек из рода Ганеши». Основа в именительном падеже — Ганеша. Сразу видно, что корень нестандартный для русских фамилий: он звучит скорее индийски, санскритски. И действительно, Ганеша — это имя индийского божества с головой слона, бога мудрости и благополучия. Но как такое имя могло оказаться в основе русской фамилии?

Версия, которая лежит на поверхности, — экзотическое происхождение: предок мог быть выходцем из Индии, принявшим православие. Такие случаи в истории России редки, но не единичны, особенно среди купцов или служилых людей, контактировавших с Востоком. Однако более правдоподобное объяснение — не прямое заимствование, а случайное звуковое совпадение. В русском языке имя Ганеша могло быть искажением какого-нибудь местного имени или прозвища. Например, в диалектах «ганешь» или «гоня» — от глагола «гонять», «гнать». Прозвище Гоня могли дать торопливому, суетливому человеку или тому, кто работал с лошадьми (погонщик). Форма Ганеша возникла бы как вариант произношения: «гоня» через аканье превратилось в «ганя», а суффикс -еш- (как в Алёша, Серёжа) дал уменьшительно-ласкательную форму Ганеша.

Спор между индийским и русским корнем решается просто: фамилия Ганешин встречается в основном в центральных и северных регионах России, где индийских поселений исторически не было. Словарь фамилий Б. Унбегауна относит суффикс -ин к типично русской модели, а основа «Ганеш» не фиксируется как заимствованная. Поэтому версия с прозвищем от «гонять» выглядит убедительнее. Фамилия редкая, но не уникальная: есть однокоренные Ганеев, Ганечкин, Ганин. Все они, скорее всего, восходят к одному корню — глаголу «гнать» или имени Ганя (уменьшительное от Иван или Агафон). Ганешин — просто более редкая ветвь того же древа.