Фамилия Ганиатова — женская форма фамилии Ганиатов. Оба варианта довольно редки, и их происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный русский фамильный суффикс -ов (в женском роде -ова) и посмотреть на основу «Ганиат».

Самая вероятная версия связывает эту основу с арабским именем Ганият (Ганиат). В арабском языке имя «Гани» (غني) означает «богатый», «состоятельный», «обладающий достатком». Форма «Ганият» (или «Ганиат») — это вариант, который мог возникнуть под влиянием тюркских языков, где суффикс -ат/-ят часто образует женские имена или имена с оттенком ласкательности. Таким образом, Ганиат — это, скорее всего, мужское или женское личное имя, имеющее значение «богатство» или «богатый». Фамилию Ганиатов (а затем и Ганиатова) дали потомку человека по имени Ганиат.

Вторая, менее распространённая гипотеза, указывает на возможную связь с тюркским словом «ганийат» или похожим звучанием, обозначающим некое качество или занятие. Однако, в отличие от версии с именем, она не подкреплена прямыми словарными данными. Географически фамилия встречается у татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, где арабские имена через исламскую традицию были широко распространены. Суффикс -ов в фамилии указывает на её оформление по русской модели в среде, где велась официальная документация на русском языке. Сословно носители фамилии могли быть как из крестьян, так и из купечества или духовенства — имя «богатый» не гарантирует богатства, а скорее отражает пожелание или благодарность.