Фамилия Ганичкин, скорее всего, образована от уменьшительной формы крестильного имени Гавриил. В древнерусском обиходе имя Гавриил, означающее «божественный воин», сокращали до разговорных вариантов — Ганя, Ганичка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганичкин буквально значит «сын Ганички» или «потомок Ганички». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я.

Существует и другая версия, связывающая фамилию с украинским словом «гана» — «осуждение». Согласно ей, Ганичка могло быть прозвищем, которое дали человеку сварливому или склонному к порицанию. Однако эта гипотеза менее правдоподобна. Во-первых, суффикс -ичк- в прозвищах встречается редко — он характерен скорее для ласкательных форм личных имён. Во-вторых, фамилия на -ин, образованная от имени Гавриил, встречается в русских говорах чаще, чем производные от диалектного «гана», которое имеет узкую территориальную привязку.

Имя Гавриил, давшее начало множеству фамилий (Гаврилов, Гаврилин, Ганькин, Ганин), в просторечии давало и форму Ганичка. Сравните с аналогичными образованиями: Ваничка (от Иван), Миничка (от Минай). Таким образом, фамилия Ганичкин входит в обширный круг русских фамилий, возникших из народных, обиходных форм канонических имён.