Фамилия Ганичкина чаще всего ведет родословную от имени Гавриил. В основе лежит его уменьшительная форма — Ганичка. Имя Гавриил древнееврейского происхождения, в переводе означает «божественный воин». Потомок человека, которого в быту звали Ганичкой, со временем получал фамилию Ганичкин, а для женщин — Ганичкина.

Существует иная, менее убедительная версия. Она связывает фамилию с украинским нарицательным «гана» — «осуждение». В этом случае Ганичка — прозвище, которое могли дать ворчливому или строгому человеку. Однако эта гипотеза слабее: имя Гавриил было широко распространено, и его производные встречаются гораздо чаще, чем прозвища от редкого диалектного слова.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганичкины — потомки Ганички. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен и прозвищ, заканчивающихся на -а или -я. В некоторых говорах форму «Ганичка» могли использовать и как самостоятельное имя-оберег, но в основе всё равно лежит каноническое Гавриил.