Фамилия Ганисевская — женская форма фамилии Ганисевский, а та, в свою очередь, образована от топонима с суффиксом -ск- (или -цк-), который в русской ономастике указывает на связь с местностью. Носитель такой фамилии — выходец из села или поместья с названием вроде Ганисево, Ганисово или Ганисевка. Основа здесь — имя или прозвище Ганис, что сразу заставляет искать корни в антропонимике.

Самое вероятное объяснение: Ганис — это производная форма от крестильного имени Гавриил (в просторечии — Ганя, Ганис). Суффикс -ис в данном случае — редкий, но встречающийся в белорусской и украинской традиции вариант народной переделки канонических имён (сравните: Онис — от Анисим, Манис — от Мануил). Таким образом, Ганисевский — «тот, кто из усадьбы Ганиса (потомка Гавриила)».

Вторая, менее вероятная версия — связь с польским словом ganić («порицать, бранить»). Тогда Ганис могло быть прозвищем ворчливого или строгого человека. Однако для фамилий на -ский типичнее географическое происхождение, а не прозвищное, поэтому версия с именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям: Беларусь, западные области Украины, а также восток Польши. В дореволюционных метрических книгах Ганисевские встречаются среди шляхты и крестьян Гродненской и Минской губерний. Суффикс -ск- часто указывал на дворянское происхождение (по названию имения), но с XIX века такие фамилии активно распространились и среди простого люда, чьи предки получили фамилию по месту жительства.

Окончание -ая в женской форме типично для русского языка, но сама фамилия по происхождению, скорее всего, западнорусская или польская. Встречаются варианты написания: Ганисевская, Ганисевска, Ганишевская — последнее могло возникнуть под влиянием белорусского произношения («г» фрикативная, «с» смягчается).