Фамилия Ганистрат происходит от личного имени, которое звучит так же. Это имя — просторечная, народная форма редкого крестильного имени Каллистрат. В переводе с греческого Каллистрат означает «хороший воин» (kallos — красота, stratos — войско, воин). В православных святцах известны два святых покровителя этого имени: праведный Каллистрат (день памяти — 1 сентября) и мученик Каллистрат (10 октября).

Однако есть и вторая, не менее вероятная версия. Имя Ганистрат могло возникнуть как один из вариантов другого греческого имени — Евстрат. В народном произношении оно прошло цепочку изменений: через формы Елистрат и Анистрат. Евстрат переводится как «добрый воин» (eu — хорошо, stratos — воин). В этом случае покровителей имени больше: у Евстрата их пять.

Какой бы из двух корней ни лежал в основе, суть одна: имя Ганистрат — из разряда «воинских», греческих по происхождению. Такие имена давали в честь святых, а в быту их часто переиначивали на русский лад, упрощая произношение. Фамилия Ганистрат — хороший пример того, как редкое каноническое имя «обкатывалось» в крестьянской среде, теряло начальные слоги и меняло звучание, пока не закрепилось в виде прозвища, а затем и фамилии. Суффикса, типичного для русских фамилий (-ов, -ин), в ней нет, что говорит о её позднем, скорее всего, украинском или южнорусском происхождении, где фамилии нередко оставляли в форме чистого имени.