Фамилия Ганистратенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Евстрат. Фамилия Ганистратенко образована от имени Ганистрат, исходной формой которого является греческое имя Евстрат, то есть «добрый войн». Покровителем этого имени является Святой мученик Евстратий, градоначальник, во время гонений на христиан в III веке объявил себя последователем Христа, за что принял мучения и скончался. Менее вероятно, что данная фамилия образована от прозвища Ганистрат, в основе которого лежит слово «анистрат». Анистратом называют судебный документ о задолженности за землю. Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Ганистратенко занимался судебными делами. Поэтому Ганистратенко буквально понималось как «сын Ганистрата».