Фамилия Ганистратенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в буквальном смысле означает «сын Ганистрата» или «потомок Ганистрата». Такие фамилии в основном закрепились на Левобережной и Слободской Украине в XVII–XVIII веках и указывали на прямое родство с человеком, носившим исходное имя или прозвище.

Само имя Ганистрат — это народная, упрощённая форма греческого крестильного имени Евстрат, которое переводится как «добрый воин». Церковным покровителем этого имени считается святой мученик Евстратий Севастийский, живший в III веке. Будучи градоначальником, он открыто объявил себя христианином во время гонений, за что принял мучения и погиб. В украинской и русской народной среде полное церковное имя Евстрат нередко сокращалось и видоизменялось: Астрат, Острат, а затем и Ганистрат, где начальное «Г» появилось, вероятно, для удобства произношения.

Существует и менее вероятная версия, связывающая фамилию не с крестильным именем, а с прозвищем Ганистрат. В её основе лежит слово «анистрат» — так в старину называли судебный документ о задолженности за землю. Если принять эту гипотезу, то прозвище мог получить человек, имевший отношение к судебным разбирательствам или земельным тяжбам. Однако эта версия уступает первой по распространённости и убедительности: подавляющее большинство фамилий на -енко образованы от личных имён, а не от нарицательных слов.

Таким образом, с большой долей уверенности можно говорить, что предок носителей фамилии Ганистратенко был человеком по имени Ганистрат (народный вариант Евстрата), а сама фамилия закрепилась в украинской среде как указание на его потомков.