Фамилия Гонистратенко — один из ярких примеров того, как украинская фамилия может скрывать в себе не имя или профессию, а целую сцену или прозвище. Её основа — повелительное наклонение глагола «гонити» (гнать) и слово «страта» (казнь, смерть) или «страт» (расход, трата). Буквально Гонистрат — это «гони на казнь» или «трать без счёта». В украинской ономастике такие «глагольные» фамилии (Гуляйгород, Дерихвіст, Підопригора) не редкость, и они почти всегда указывают на прозвище, данное человеку за характер или забавный случай.

Суффикс -енко (уменьшительно-патронимический, «сын кого-то») окончательно закрепляет фамилию за украинской традицией. В XVII–XVIII веках -енко было показателем принадлежности к казацкой среде или к свободным крестьянам, но не к шляхте. То есть Гонистратенко — это «сын Гонистрата», а сам Гонистрат — человек, получивший такое прозвище. Скорее всего, предок был либо человеком резким, скорым на расправу (в шутку или всерьёз), либо, наоборот, мотом, которого дразнили за расточительность.

Интересно, что вторая часть — «страта» — в украинском языке имеет двойное значение: и «казнь», и «расход». Поэтому возможна и более бытовая версия: прозвище могли дать тому, кто «гонит» (тратит) деньги, не считая. В любом случае, фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из центральной или левобережной Украины — именно там такие глагольные конструкции в основе фамилий встречаются чаще всего. Никакой связи с дворянством или духовенством у неё нет: это чисто народное, казацкое или крестьянское прозвище, которое спустя поколения стало родовым именем.