Фамилия Гонистрат — редкий случай, когда русская фамилия звучит как латинское изречение. На слух она почти дословно совпадает с латинским honi soit qui mal y pense («да будет стыдно тому, кто плохо об этом подумает») — девизом английского ордена Подвязки. Однако в русском быту этот оборот переосмыслили по-своему, приспособив к родной словообразовательной модели.

Основа здесь — глагол «гонить» (устаревшая форма от «гнать») и корень «страт-» (от греческого «стратос» — войско, или родственного «стратить» — тратить, уничтожать). Получается прозвище, которое могло означать «гонящий войско» — то есть либо опытный военачальник, который водит полки, либо, в ироничном смысле, человек, который разгоняет солдат. В русских говорах слово «гонистрат» иногда фиксировали как шутливое обозначение начальника, любящего покомандовать, или, наоборот, бестолкового распорядителя, который только «гонит» людей, но толку от этого нет.

По модели образования фамилия относится к «говорящим» прозвищам, которые не прибавляли суффикса: человек сам становился Гонистратом, и его дети наследовали это прозвание без изменений. Такие «нулевые» фамилии характерны для южнорусских и украинских земель, где окающие и акающие говоры смешивались, а прозвища часто переходили в фамилии без типичных -ов, -ев или -ин. Встретить Гонистратов можно было в среде казачества или мелкого служилого люда — там, где ценили хлёсткое, запоминающееся прозвище, отражающее характер или должность.

В дореволюционных метрических книгах фамилия изредка встречается на территории бывшей Екатеринославской губернии и в Области Войска Донского. В советское время, с отменой сословных перегородок, носители фамилии разъехались по стране, но фамилия осталась малочисленной. Искать её стоит не в общерусских списках, а в региональных архивах юга России — там, где живой говор и смешение языков рождали такие неожиданные прозвания.