Фамилия Ганохарити — одна из тех редких русских фамилий, которые выдают иностранное происхождение не через корень, а через способ образования. В ней нет привычного суффикса -ов/-ев или -ин, означающего «чей сын». Вместо этого перед нами застывшая форма родительного падежа единственного числа от греческой фамилии, что сразу указывает на южноевропейские корни.

Основа фамилии — греческое слово «ганохаритис» (Γανοχαρίτης). Оно состоит из двух частей: «ганос» (γάνος) — «блеск, сияние, красота» и «харис» (χάρις) — «милость, благодать, радость». Таким образом, исходное прозвище или фамилия переводится как «сияющий благодатью» или «блистающий милостью» — типично христианское именование, которое могло быть дано человеку за благочестие или как пожелание божественного покровительства.

Форма «Ганохарити» — это греческий родительный падеж, который в русском языке закрепился как фамилия. В Греции, особенно на островах и в Малой Азии, было распространено образование фамилий через окончание -итис (или -отис) — это указывало на принадлежность к роду или местности. Когда носитель такой фамилии оказывался в русскоязычной среде, окончание часто упрощалось до -и или -ы, теряя конечное «с». В результате Ганохаритис стал Ганохарити.

Географически фамилия почти не встречается в исторических документах России. Это говорит о том, что предки носителя, скорее всего, были греками, переселившимися в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Волны греческой эмиграции шли из Османской империи, особенно после русско-турецких войн. Греки селились в портовых городах — Одессе, Мариуполе, Таганроге, а также в Крыму и на Кубани. Фамилия могла принадлежать купцу, моряку, священнику или преподавателю греческого языка, поскольку среди греческих переселенцев было много людей образованных.

В русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода на -и: «Иван Ганохарити», «у Ивана Ганохарити», «к Ивану Ганохарити». Женский вариант не склоняется: «Анна Ганохарити», «у Анны Ганохарити». Ударение, вероятно, падает на последний слог — Ганохари́ти, что сохраняет греческую интонацию.

Сегодня фамилия остаётся крайне редкой. Её носители, если они есть, — потомки тех греческих колонистов, которые сохранили в фамилии не только корни, но и грамматическую форму языка предков.