Фамилия Ганцерова — женская форма, мужской вариант — Ганцеров. Её основа, судя по всему, не русская, а немецкая или еврейская (ашкеназская), и это главное, что стоит сказать сразу. В русском языке фамилия оформлена по типичной модели на -ов/-ев, что указывает на принадлежность: «чей?» — Ганцеров, то есть потомок человека по прозвищу или имени Ганцер.

Корень «Ганц» — это немецкое слово Gans (гусь) или уменьшительное от имени Gan(t)z. В немецкой ономастике фамилия Ganser (или Gänser) означает либо «гусятник» — человека, который пасёт или разводит гусей, либо того, кто носил прозвище «Гусь» за внешность или характер. В еврейской среде фамилия Gancer могла быть искусственно образована от аббревиатуры или от названия местности, но это менее вероятно для русской записи «Ганцеров».

В России фамилия встречается редко и имеет чёткую географическую привязку: по данным открытых источников, большинство носителей сосредоточено на юге страны — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в центральных регионах. Это объяснимо: немецкие колонисты в XVIII–XIX веках селились в Поволжье, на юге Украины и Северном Кавказе. Фамилия могла попасть в русскую среду через браки или переход из немецких общин.

Мужская форма «Ганцеров» — притяжательное прилагательное от прозвища «Ганцер». Суффикс -ов- указывает на то, что фамилия оформилась уже на русской почве, когда исходное немецкое слово или имя воспринималось как личное прозвище. Если бы фамилия осталась чисто немецкой, она звучала бы как Ganser без окончания. Поэтому Ганцеровы — это, скорее всего, обрусевшие потомки немецких переселенцев или, реже, еврейских ремесленников, которые получили фамилию по роду занятий.

Спорных версий немного: иногда корень связывают с диалектным русским «ганза» (ссора, перебранка), но это натяжка — такой основы нет ни в одном словаре русских фамилий. Куда правдоподобнее немецкий след, подтверждённый и географией, и словообразованием.