Фамилия Ганцеров — одна из тех фамилий, в которых с первого взгляда угадывается иноязычная основа, но русский суффикс -ов «пришивает» её к отечественной традиции. Корень здесь — немецкое или еврейское имя Ганц (Ganz), которое в немецком языке означает «целый, весь, полный». В качестве прозвища или личного имени Ганц могло указывать на полноту человека (в прямом смысле — упитанность) или на его цельность натуры, надёжность. Иногда Ганц — это сокращённая форма сложных имён вроде Ганцфрид (Ganzfried — «полный мира»).

Интересно, что фамилия Ганцеров не единственная в своём роде. Есть однокоренные Ганцев, Ганцов, Ганцевич — все они восходят к тому же корню. Но суффикс -ер- создаёт редкую словообразовательную модель: не просто «Ганцов» (сын Ганца), а «Ганцеров» — возможно, от более сложной формы Ганцер, которая в немецком языке могла быть профессиональным обозначением (например, человек, торгующий гусями, от немецкого Gans — «гусь», но это менее вероятно, так как ударение и написание различаются).

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам Российской империи — туда, где в XVIII–XIX веках активно селились немецкие колонисты и еврейские общины. Встречается на Украине, в Беларуси, а также в Поволжье (среди поволжских немцев). Предки современных Ганцеровых могли быть ремесленниками, мелкими торговцами или крестьянами, получившими фамилию по имени или прозвищу своего предка.

Есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах «ганцер» (или «ганцар») — это гончар, мастер по глиняной посуде. Если это так, то фамилия Ганцеров — профессиональная, как Кузнецов или Плотников, только с заимствованным корнем. Эта гипотеза объясняет суффикс -ер- (сравните: гончар → Гончаров, а здесь «ганцер» → Ганцеров). Правдоподобность обеих версий примерно равна, и окончательный ответ зависит от того, в какой местности жили конкретные носители фамилии.