Фамилия Ганцев — один из тех случаев, где за основу взяли не имя, а прозвище. В её основе лежит слово «гана», которое с украинского переводится как «осуждение». Человека, получившего прозвище Ганец, скорее всего, осуждали за поведение, которое отличалось от принятого в деревне. Но есть и другая версия, связанная с глаголом «ганить» — то есть «гнать, хулить, угонять». От этого же корня пошло и слово «гонец». Тогда прозвище могло указывать на род занятий предка или на его характер.

Менее правдоподобное объяснение выводит фамилию от имени Гавриил, а точнее от его просторечной формы Ганя. Имя это древнееврейское и означает «божественный воин». Однако язык подсказывает, что прозвищное происхождение здесь вероятнее: суффикс -ец (Ганец) типичен именно для прозвищ, а не для уменьшительных форм крестильных имён. В пользу первой гипотезы говорит и то, что на юге России и в украинских землях, откуда фамилия, скорее всего, пошла, слово «гана» было в ходу.