Фамилия Ганушкова — редкий пример, где структура говорит о происхождении почти без недомолвок. Основа здесь — имя Гануш, а суффикс -к- с окончанием -а выдают фамилию западнославянского, скорее всего чешского или словацкого, корня. В славянском мире Гануш — это народная, усечённая форма библейского имени Иоанн (через немецкое Hans или польское Janusz). В Чехии и Словакии Гануш — вполне самостоятельное имя, а фамилии на -ова — стандартная женская форма, указывающая на принадлежность к мужчине по имени Гануш или Ганушек.

Если смотреть на модель, то Ганушкова — это типичная «жена/дочь Ганушка», где Ганушек — уменьшительно-ласкательный вариант. В русской традиции такие фамилии на -ков/-кова обычно образовывались от прозвищ или имён на -ко/-ка (как Федька → Федьков), но здесь корень не великорусский, а западнославянский. В России фамилия встречается крайне редко и, скорее всего, попала через миграцию из Чехии, Польши или Беларуси. В белорусском и украинском ономастиконе фамилии вроде Ганушевич, Ганущенко встречаются чаще, а Ганушкова — более архаичная форма, сохранившая первоначальный суффикс.

Географическая привязка подсказывает, что носители фамилии могли быть потомками выходцев из Чехии или Словакии, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках — например, среди специалистов-ремесленников или колонистов. Прозвище Гануш в крестьянской среде могло закрепиться за человеком, которого в деревне дразнили «чехом» или «немцем» из-за говора или обычаев. В любом случае, фамилия недвусмысленно отсылает к имени предка, а не к профессии или месту.

Споров по этимологии почти нет: все версии сходятся на имени Гануш как производном от Иоанн. Альтернативные гипотезы — от глагола «гануть» (осуждать) — лингвистически слабы, так как суффикс -уш- в славянских прозвищах характерен именно для личных имён (Петруша, Ванюша), а не для нарицательных слов.