Фамилия Ганнушкин — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ин скрывается нерусская основа. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганнушкин буквально значит «сын Ганнушки» или «человек из рода Ганнушки». А вот само имя Ганнушка — это западнорусская или украинская уменьшительная форма от канонического имени Иоанн (в просторечии — Иван). В белорусском и украинском языках имя Иван через промежуточные формы (Ганна, Ганус) давало такие варианты, как Ганнушка. То есть перед нами типичная «матрешка»: русский патронимический суффикс насажен на уменьшительное имя, которое, в свою очередь, произошло от крестильного имени.

География фамилии подсказывает, что её корни — в западных губерниях Российской империи, особенно на территории современной Беларуси и Смоленщины. Там формы с начальным «Г» вместо «И» (Ганна вместо Анна, Ганус вместо Иван) были обычным делом. Носитель фамилии — скорее всего, потомок крестьянина или мещанина из этих мест. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для «ивановских» производных: они были слишком массовыми, чтобы стать маркером знатного происхождения.

Любопытная деталь: фамилия Ганнушкин — редкий пример, когда в основе лежит не мужское имя, а женское. Ганнушка — это не «Иван», а «Анна» (через польско-белорусское Hanna). В таком случае фамилия означает «сын Ганнушки», то есть матери. В русской ономастике это встречается, но нечасто: обычно фамилии по матери (матринимы) давали, если отец был неизвестен или умер рано, или если мать была более заметной фигурой в общине. Впрочем, не исключен и более простой вариант: Ганнушка могло быть уменьшительным от мужского имени Ганус (Иван) — тогда это обычный патроним.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ганнушкин стоит в одном ряду с Ганущенко, Ганусов, Ганькин. Все они — из одной «ивановской» семьи, но с разными суффиксами и региональными особенностями. Если Ганущенко — явный украинский вариант, то Ганнушкин — скорее белорусский или смоленский, с русским окончанием, но западнорусским корнем.