Фамилия Ганушкина образована от имени Ганушка — просторечной, «домашней» формы крестильного имени Гавриил. В переводе с древнееврейского оно означает «божественный воин» или «моя сила — Бог». Такие усечённые имена (Ганя, Ганушка) были распространены в повседневном общении в крестьянской и мещанской среде, поэтому основатель рода Ганушкиных, скорее всего, принадлежал к простому сословию — людям, которых в документах записывали по отцу или по прозвищу, а не по родовой фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганушкина — буквально «дочь или жена Ганушки». В русской ономастике это стандартная модель для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Если бы фамилия писалась через -ов (Ганушков), она указывала бы на иную основу, но форма с -ин закрепилась именно за этим вариантом.

Интересная деталь: имя Ганушка — не единственная просторечная производная от Гавриила. В разных регионах бытовали Гавша, Ганя, Ганька, Гаша, Гаврилка. Фамилия Ганушкина встречается реже, чем, например, Гаврилов или Гаврилин, что говорит о её более узком географическом бытовании — скорее всего, в центральных или северных губерниях России, где такие уменьшительные формы были особенно живучи.

С точки зрения словообразования, фамилия избежала «литературной» обработки: в ней нет иноязычных суффиксов или книжных окончаний. Это типично народная, «живая» фамилия, которая закрепилась в документах именно в той форме, в какой её произносили в семье.