Фамилия Ганютина — женская форма фамилии Ганютин, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Ганюта. В основе лежит просторечная, уменьшительная форма от канонического имени Геннадий — Ганя. Суффикс -юта (-ута) в русских фамилиях встречается нечасто, но он характерен для северных и северо-западных говоров. В отличие от привычного -ин или -ов, суффикс -юта придаёт основе оттенок ласкательности или, наоборот, ироничности: он мог означать «маленький», «младший» или «тот, кто постоянно делает что-то». В данном случае Ганюта — это, скорее всего, «маленький Ганя» или «Ганя, которого мы любим».

Имя Геннадий в крестьянской среде было не самым распространённым, но встречалось. Однако возможна и другая версия: прозвище Ганюта могли дать человеку с какой-то особой манерой поведения или внешности. В русских говорах глагол «ганять» означал «гнать», «прогонять», «торопить». Тогда Ганюта — тот, кто постоянно торопится, суетится, или же, наоборот, пастух, который гоняет скот. Эта версия менее вероятна, потому что прозвища на -юта чаще образуются от имён, а не от глаголов, но полностью исключать её нельзя.

Поскольку фамилия заканчивается на -ин, она указывает на принадлежность к роду: Ганютин — сын Ганюты, а Ганютина — дочь или жена Ганютина. Фамилия эта довольно редкая, и её география может подсказать, где жили предки: Ганютины чаще встречаются в Архангельской, Вологодской областях и в Сибири (куда переселялись северяне). В писцовых книгах XVI–XVII веков на Русском Севере действительно фиксируются крестьяне с именем Ганя, Ганька, что подтверждает народную форму имени.

Таким образом, фамилия Ганютина происходит от уменьшительного имени Ганюта (к Геннадию), с редким суффиксом, характерным для северных регионов. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из Поморья или Вятки.