Фамилия Ганюта — редкий случай в русской ономастике, где украинское происхождение почти не вызывает споров. Её основа — уменьшительная форма имени Ганя, которая, в свою очередь, происходит от крестильного имени Агафья (от греч. «агатос» — хорошая) или от Ганна — народного варианта Анны. В украинском языке имя Ганна — одна из самых распространённых форм, и суффикс -юта (-ута) типичен именно для западноукраинских и белорусских говоров, где он придаёт слову ласкательный или уменьшительный оттенок.

Словообразовательная модель проста: корень Ган- + суффикс -ют- + окончание -а. Такая конструкция характерна для фамилий, образованных от имён напрямую, без патронимических суффиксов -ович, -енко или -ук. В украинской традиции фамилии на -юта нередко закреплялись за человеком, которого в семье или общине называли ласково — «Ганюта» могло означать «маленькая Ганна» или «Ганна-дочка». В отличие от русских фамилий на -ин (Ганин), которые указывают на принадлежность отцу, здесь фиксируется прозвище самого носителя.

Географически фамилия тяготеет к западу Украины — Волынь, Подолье, Галичина. В России она встречается редко, чаще в южных регионах и среди потомков переселенцев. Есть и вторая, менее вероятная версия: от диалектного глагола «ганяти» (гнать, понукать), но она слабая — суффикс -юта в таком случае указывал бы на деятеля, а не на процесс, и фамилия звучала бы как Ганяйло или Ганяк.

Социальный контекст фамилии — крестьянская или казацкая среда. В реестрах Войска Запорожского XVII–XVIII веков встречаются прозвища, образованные по той же модели (например, Ганута), что подтверждает народный, а не дворянский характер фамилии. Дворянских родов с фамилией Ганюта в Российской империи не зафиксировано — это чисто бытовая, семейная фамилия, которая закрепилась за родом без формального пожалования.