По одной из версий, фамилия Ганнота образована от имени Ганна — украинского варианта женского имени Анна, которое в переводе с еврейского означает «Божья благодать». В истории православия известно 16 святых покровительниц имени Анна. Суффикс -ота- дополнительно указывает на украинское происхождение фамилии Ганнота. Согласно другой версии, в основе лежит немецкое имя Ганн, вариант канонического имени Кандид (в переводе с латинского - «светлый, белый», «чистый»). В результате, потомок женщины, обладающей именем Ганна, со временем получил фамилию Ганнота.