Фамилия Гонота — редкий случай, когда прозвище сохранилось в почти неизменном виде, без типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. По сути, это застывшее слово в именительном падеже, что выдает её возможное украинское, белорусское или польское происхождение. В восточнославянской традиции фамилии без патронимического суффикса (Гонота, а не Гонотов) чаще встречаются на западе и юго-западе — в Поднепровье, на Волыни, в Галиции.

Основа фамилии — «гонот» или «гонота». В украинском и польском языках «гонот» (honot) — устаревшее слово, означавшее «род», «племя», «семейство». В этом случае фамилия могла указывать на родовитость, принадлежность к определённому клану. Однако есть и более прозаичная версия: в русских говорах «гонота» — это беспокойство, суета, хлопоты. Прозвище Гонота могли дать человеку суетливому, хлопотливому или, напротив, тому, кто постоянно попадал в переделки и создавал другим лишние заботы.

Словообразовательная модель проста и архаична: корень «гонот-» плюс окончание -а. Такое оформление характерно для прозвищ, которые давались по характерной черте поведения или внешности. В отличие от фамилий на -ский (дворянских) или на -ов/-ин (крестьянских и мещанских), Гонота не привязана к сословию — её мог носить как казак, так и крестьянин или мещанин.

В польской ономастике встречается фамилия Honota (с «h»), что указывает на возможную шляхетскую основу: honot как «род» могло быть частью прозвища, подчёркивающего древность рода. В русской среде фамилия крайне редка, и её носители, скорее всего, имеют западнорусские или украинские корни.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Гонотов (более русифицированный вариант, с суффиксом -ов) встречается чаще, но именно форма Гонота — реликтовая, сохранившая первоначальное прозвище. Если ваш предок носил эту фамилию, он, вероятно, происходил из регионов, где украинский или белорусский язык влиял на оформление фамилий, и его прозвище могло означать либо «родовитый человек», либо «хлопотун» — в зависимости от того, какое значение слова «гонота» было в ходу в его местности.