Фамилия Гонотова — женская форма, мужская — Гонотов. Она образована по простой и распространённой модели: к основе прозвища или имени Гонот добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. На первый взгляд кажется, что корень здесь прозрачен: «гонот» напоминает слово «гон» или «гнать». Но в русских говорах у этого корня есть конкретное, неожиданное значение.

В диалектах, особенно северных и сибирских, «гонот» — это не просто бег или спешка, а мелкий лес, хворост, валежник, который собирают для растопки. Прозвище Гонот могли дать человеку, который занимался заготовкой такого топлива, жил в лесистой местности или был суетливым, торопливым — по созвучию с глаголом «гоношить» (хлопотать, суетиться). Есть и другая версия: в некоторых говорах «гонот» означало «ссора, брань», тогда прозвище могло достаться сварливому человеку. В любом случае, основа связана с бытовой, крестьянской средой.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия не дворянская и не искусственная: суффикс -ов указывает на патроним или прозвище отца, то есть Гонотовы — это «дети Гонота». Фамилия довольно редкая, её географическое распространение неширокое: встречается в основном в центральных и северных областях России, где сохранились диалектные слова. В официальных документах XVIII-XIX веков такие фамилии фиксировались у крестьян и мещан, реже — у однодворцев.

Стоит отметить, что фамилия Гонотова могла писаться и через «а» — Ганатова, если в говоре произносили «акающее» «гонат». Но современное написание с буквой «о» — нормативное, закрепившееся в паспортах. Сравните с однокоренными фамилиями Гончаров, Гонцов — у них иная семантика, связанная с гончарным ремеслом или гонцами. Гонотов же стоит особняком, отсылая к малозаметному, но характерному для деревенского быта понятию.