Фамилия Гонотаева — редкий пример, где основа угадывается с трудом, а суффикс сразу выдаёт географию. Формант -ев указывает на русскую патронимическую модель, но корень «гонот-» в чистом виде в современном языке почти не встречается. Если бы фамилия была образована от прозвища, мы бы искали исходное слово в диалектах или забытых ремёслах.

Самая прямая версия ведёт к глаголу «гоношить» — в северных и сибирских говорах это значит «копить, запасать, хлопотать по хозяйству». Прозвище Гонота могли дать человеку бережливому, домовитому, склонному к накопительству. Форма «Гонота» встречается в старых писцовых книгах как личное имя или прозвище. Суффикс -аев (фонетический вариант -ев после мягкого согласного) присоединили к основе «Гонотай» — то есть «сын Гонотая». Такая модель типична для фамилий, которые закрепились в XVI–XVII веках среди крестьян и посадских людей.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным «гонот» (шум, гам, суета). Тогда прозвище получил бы человек беспокойный, суетливый. Однако в пользу «хозяйственной» версии говорит устойчивость корня в северных говорах, где слово «гоношиться» дожило до XX века.

Где именно фамилия могла возникнуть, сказать сложно: в современных базах Гонотаевы встречаются единично, в основном в Поволжье и на Урале. Это указывает на позднюю миграцию из северных областей, где фамилия могла возникнуть. По сословной принадлежности — скорее всего, крестьянская или мещанская: редкие фамилии с прозвищной основой редко носили дворяне.

Фамилия не имеет отношения к греческому «гонот» (угол, колено) или другим иноязычным корням — это чисто русский диалектный след, который сохранился в фамилии лучше, чем в словарях.