Фамилия Гонтаев — редкий случай, где основа прозрачна, а суффикс сбивает с толку. Корень здесь «гонта», и это почти наверняка не имя, а прозвище. В южнорусских и украинских говорах «гонтом» называли дранку, щепаную дощечку для кровли. Мастер по изготовлению гонта — гонтяр. Отсюда и прозвище Гонтай: так могли назвать кровельщика, плотника или человека, чей дом был крыт гонтом. Фамилия Гонтаев — типичный патроним на -ев, то есть «сын Гонтая». Модель простая: прозвище на -ай (как Шутай, Лептай) плюс притяжательный суффикс.

Сложность в том, что фамилия Гонтаев встречается и в русских, и в осетинских семьях. У осетин она распространена на юге республики, в Дигорском ущелье. Там корень «гонт» может восходить к иранскому слову со значением «стадо» или «крупный рогатый скот». В осетинском варианте фамилия тоже образована через прибавление русского суффикса -ев, но основа другая — не ремесло, а скотоводство. Две версии не противоречат друг другу: носители из разных регионов и этносов пришли к одной фамилии разными путями.

Географически Гонтаевы в России тяготеют к югу: Ростовская область, Краснодарский край, Ставрополье. Это совпадает с ареалом гонтовой кровли в казачьих и малороссийских поселениях. В Осетии фамилия локализована в селениях Дзинага и Стур-Дигора. Социальный срез по фамилии неочевиден: среди Гонтаевых встречались и крестьяне, и священники, и военные, но единого сословного портрета нет.

Сравните с однокоренными: Гонтарь, Гонтарёв, Гонтовой. У Гонтаева суффикс -ев, а не -ёв, что указывает на ударение на основе (Гонтай, а не Гонтарь). Это косвенно подтверждает, что исходное прозвище было именно Гонтай, а не Гонтарь. Если бы основа была «гонтарь», фамилия звучала бы как Гонтарев или Гонтаров. Так что версия с кровельщиком — основная для русских носителей.