Фамилия Гоноткова — женская форма, исходная мужская — Гонотков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Гоноток. Слово «гоноток» в русских говорах имеет два значения, и оба могли дать фамилию. Первое — «самолюбивый, спесивый человек» (от польского «honor» — честь, гонор). Второе, более вероятное для крестьянской среды, — тот, кто гоняет, подгоняет, возможно, погонщик или работник, выполняющий срочную работу. Глагол «гоношить» в северных и сибирских говорах означал «торопиться, суетиться, делать что-то поспешно». От него же — слова «гонотливый» (суетливый) и «гонотня» (спешка, беготня). Таким образом, Гоноток — это либо человек с характером, либо тот, кто постоянно в движении, на побегушках.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на типичную модель образования русских фамилий: сначала возникло отчество «Гонотков сын» (чей? — Гонотков), затем оно закрепилось как родовое имя. Форма на -а (Гоноткова) — стандартное окончание для женщин. Фамилия недворянская, без суффикса -ский-, что говорит о её происхождении в среде крестьян, посадских людей или однодворцев.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных источниках и современных базах она встречается преимущественно на Русском Севере — в Вологодской, Архангельской областях, а также в Сибири, куда переселенцы уходили с севера. Это подтверждает версию с северным диалектным глаголом «гоношить». В центральных и южных губерниях фамилия почти не фиксируется.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «гоноток» имело ещё одно, узкое значение — «небольшой молоток или киянка» (орудие для гонки, забивания). Если прозвище дали по инструменту, то предок мог быть плотником, бондарем или мастером по дереву. Но это менее распространённая гипотеза.

Фамилия не получила широкой известности: в истории нет знаменитых дворян, купцов или деятелей культуры с такой фамилией. Это типичная «тихая» фамилия, которая сохранилась в основном в глубинке. Её носители — потомки простых людей, чьё прозвище закрепилось за родом и дошло до наших дней.