Фамилия Гоноцкая — женская форма мужской фамилии Гоноцкий, но её разбор стоит начать с географии. Это редкая фамилия с чёткой польско-украинской окраской: суффикс -цк- (в полной форме -ский/-цкий) типичен для шляхетских фамилий Речи Посполитой. Такие фамилии образовывали от названий населённых пунктов, и Гоноцкий, скорее всего, происходит от топонима Гоноцк или Гонотка. На карте современной Польши есть село Гонотки (Gołotki) в Мазовецком воеводстве, но более вероятна связь с местечком Гоноцк (Gołock) на территории бывшей Гродненской губернии — сейчас это Беларусь. Первым носителем фамилии мог быть пан, владевший землёй в том месте, или выходец оттуда: «Гоноцкий» буквально значило «тот, кто из Гоноцка».

Основа «Гоно-» тоже даёт простор для версий. В польском языке есть слово «honor» (честь), и в старопольском «gon» означало «гон» (бег, преследование) или «гоньба» (состязание). Однако более правдоподобно, что корень восходит к диалектному «гонот» — так в белорусских и украинских говорах называли самодовольного, гордого человека (от польского «honotny» — честолюбивый). Таким образом, до того как стать фамилией по месту жительства, прозвище Гонота мог получить человек с завышенным самомнением или тот, кто кичился своим происхождением.

В Российской империи фамилии на -цкий часто закреплялись за мелкими дворянами и однодворцами западных губерний. Гоноцкие (и Гоноцкие) встречаются в метриках Волынской, Минской и Подольской губерний — в основном среди католического или униатского населения. После разделов Польши многие шляхтичи подтверждали дворянство, но часть Гоноцких, потеряв документы, попала в разряд мещан или государственных крестьян. Встречается и вариант написания через «а» — Ганоцкая, что связано с акающим произношением в юго-западных говорах.

Фамилия остаётся малочисленной: даже в советских справочниках она не фигурирует среди распространённых. Сегодня Гоноцких можно встретить в Беларуси, на Украине и в восточных регионах Польши, а в России — единичные случаи, преимущественно в Краснодарском крае и Москве, куда фамилия попала с миграциями XX века.