Фамилия Гонтова образована от прозвища Гонт. В основе лежит украинское слово «гонт» — тонко вытесанные деревянные дощечки, которыми настилают крышу, подобно черепице. Такие дощечки были широко распространены в лесных регионах и Карпатах. Прозвище Гонт, скорее всего, закрепилось за кровельщиком или человеком, который занимался заготовкой гонта: ремесло было трудоёмким и требовало особого мастерства.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на типичную восточнославянскую модель образования: «чей?» — «Гонтов», то есть сын или потомок Гонта. Форма Гонтова — женский или притяжательный вариант, распространённый в русской и украинской традициях. Фамилия не относится к числу частых, её география тяготеет к западнорусским и украинским областям, где гонт использовался в строительстве повсеместно.

Слово «гонт» родственно польскому gont и чешскому hont — все они восходят к немецкому Gang («проход, ряд»), что лишний раз подчёркивает заимствование технологии через ремесленные контакты. В отличие от фамилий Гончаров или Гончаренко, связанных с гончарным кругом, Гонтова прямо указывает на конкретный строительный материал.

Прозвище Гонт могло закрепиться за человеком как наиболее употребительное именование, вытеснив крестильное имя. Со временем оно легло в основу фамилии, и потомок человека по прозвищу Гонт получил фамилию Гонтова. Так фамилия хранит память о происхождении предка — мастера, чья работа была видна на каждой крыше.