Фамилия Гонтовы (в мужском роде — Гонтов) ведёт начало от прозвища Гонт. В его основе лежит украинское слово «гонт» — так называют тонко вытесанные деревянные дощечки, которыми настилают крышу. Этот способ кровли был особенно распространён в лесных регионах и Карпатах, где дерево было доступным материалом. Соответственно, прозвище Гонт получал либо кровельщик, который укладывал гонт, либо человек, занимавшийся его заготовкой и производством.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность — буквально «сын Гонта» или «из семьи Гонта». Такая модель типична для центральных и северных регионов России, но основа фамилии явно указывает на западно- или южнорусские земли, где бытовало само слово «гонт» и промысел был в ходу. В отличие от фамилий на -ин или -ский, Гонтов — пример простого, ремесленного именования, которое закрепилось за человеком не по имени отца, а по его занятию.

Процесс формирования фамилии мог быть длительным, и окончательно говорить о точном времени и месте её появления можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Не исключено, что в разных регионах фамилия возникала независимо: в сёлах, где гонт был обычным кровельным материалом, прозвище Гонт могло появиться у нескольких мастеров, и их потомки уже независимо друг от друга получали фамилию Гонтовы.